La rivoluzione haitiana è iniziata con la cerimonia del legno di caimano organizzata da Hougan Dutty Boukman, assistito da Cécile Fatiman. Questo primo atto della rivoluzione degli schiavi avrebbe preso la forma di una cerimonia voodoo. In pochi giorni tutte le piantagioni del Nord furono in fiamme e un migliaio di bianchi furono massacrati. Nonostante la repressione in cui Boukman fu ucciso, bande di schiavi armati persistettero nelle campagne e in montagna. In altre parti del paese seguirono rivolte più spontanee. La rivolta degli schiavi ha portato a un acceso dibattito nella nuova assemblea legislativa a Parigi. Quest'ultimo, inizialmente sensibile alle argomentazioni dei coloni, inviò commissari civili per riportare l'ordine ai liberi e agli schiavi. Mentre questi ultimi chiedevano una pace onorevole, la rigidità dei coloni ravvivò le rivolte. Napoleone promulgò la legge del 20 maggio 1802, che ristabilì la schiavitù nelle colonie francesi. Il 7 giugno 1802 Toussaint Louverture fu arrestato, deportato in Francia, fu internato a Fort Joux, nel Giura, dove morì per il clima rigido e la malnutrizione il 7 aprile 1803, dopo aver profetizzato la vittoria dei neri. Fu quando venne a sapere del ristabilimento della schiavitù in Guadalupa che Alexandre Pétion diede il segnale per la rivolta il 13 ottobre 1802. Alla testa di cinquecentocinquanta uomini marciò contro la principale postazione francese di Haut-du- Cap, lo circonda, lo fa disarmare e salva quattordici artiglieri che la sua famiglia voleva massacrare: si forma quindi l'esercito indipendente.
Dessalines si unì di nuovo ai ribelli, guidati da Pétion, nell'ottobre 1802. Il 19 novembre 1803, a capo dell'esercito, con Henri Christophe al suo fianco, impose a Rochambeau (comandante a capo dell'esercito francese ) la capitolazione di Cape Town dopo la sconfitta degli eserciti francesi il giorno prima nella battaglia di Vertières. Rochambeau non ebbe quindi altra scelta che ordinare l'evacuazione dell'isola. Dopo la partenza dei francesi, Dessalines provocò subito il massacro della restante popolazione bianca ad eccezione di preti, medici, tecnici. Dà ancora a Santo Domingo il suo nome indiano di Haiti (Ayiti) e proclama la Repubblica 1 di gennaio 1804 a Gonaives.